Composición química y sistemas cristalinos
Una gema mineral tiene una composición química definida, escrita como fórmula, y una disposición interna ordenada de átomos. El corindón es óxido de aluminio (Al₂O₃); el berilo es un silicato de berilio y aluminio (Be₃Al₂Si₆O₁₈); el diamante es carbono solo. Las variedades de una misma especie se diferencian sobre todo en los elementos traza que sustituyen a los átomos principales en la red, y por eso el rubí y el zafiro comparten una única fórmula.
Los cristalógrafos ordenan las estructuras cristalinas tridimensionales en siete sistemas cristalinos: triclínico, monoclínico, ortorrómbico, tetragonal, trigonal, hexagonal y cúbico. La gemología los describe por las longitudes relativas de unos ejes de referencia imaginarios y por los ángulos entre ellos. El sistema rige la forma externa del cristal (octaedros en el diamante y la espinela, prismas de seis caras en el berilo) y, más útil todavía para la identificación, su comportamiento óptico. Las gemas cúbicas son isótropas: la luz las atraviesa a la misma velocidad en todas las direcciones. Las gemas de los otros seis sistemas son anisótropas y desdoblan la luz en dos rayos. La composición por sí sola no fija la estructura: el diamante y el grafito son ambos carbono puro, dispuesto de otra manera.
Algunos materiales gemíferos carecen de orden atómico de largo alcance y, por tanto, de sistema cristalino. El vidrio, casi todo el ópalo de calidad gema y el ámbar orgánico son amorfos y, como los cristales cúbicos, son ópticamente isótropos.