التركيب الكيميائي والأنظمة البلورية
للحجر الكريم المعدني تركيب كيميائي محدد يُكتب في هيئة صيغة، وترتيب داخلي منظم للذرات. فالكوراندوم أكسيد ألومنيوم (Al₂O₃)؛ والبيريل سيليكات بيريليوم وألومنيوم (Be₃Al₂Si₆O₁₈)؛ والألماس كربون وحده. وأصناف النوع الواحد تختلف أساسًا في العناصر النزرة التي تحل محل الذرات الرئيسية في الشبيكة، ولهذا يتشارك الياقوت والياقوت الأزرق صيغة واحدة.
ويصنّف علماء البلورات البنى البلورية ثلاثية الأبعاد في سبعة أنظمة بلورية: ثلاثي الميل، وأحادي الميل، ومعيني قائم، ورباعي، وثلاثي، وسداسي، ومكعبي. ويصفها علم الأحجار الكريمة بالأطوال النسبية لمحاور مرجعية تخيلية وبالزوايا بينها. والنظام هو الذي يحكم الشكل الخارجي للبلور (ثماني الأوجه للألماس والسبينل، وموشورات سداسية الأضلاع للبيريل)، ويحكم كذلك، وهو الأنفع في التعرف، سلوكه البصري. فالأحجار الكريمة المكعبية متماثلة الخواص: ينتقل الضوء فيها بالسرعة نفسها في كل اتجاه. أما الأحجار في الأنظمة الستة الأخرى فهي متباينة الخواص وتشطر الضوء إلى شعاعين. والتركيب وحده لا يثبّت البنية: فالألماس والغرافيت كلاهما كربون نقي، لكن ترتيبهما مختلف.
وبعض المواد الكريمة ليس لها انتظام ذري بعيد المدى، فلا نظام بلوري لها. فالزجاج ومعظم أوبال الأحجار الكريمة والكهرمان العضوي مواد لابلورية، وهي، مثل البلورات المكعبية، متماثلة الخواص بصريًا.