องค์ประกอบทางเคมีและระบบผลึก
อัญมณีที่เป็นแร่มีองค์ประกอบทางเคมีที่แน่นอน เขียนเป็นสูตร และมีการจัดเรียงอะตอมภายในอย่างเป็นระเบียบ คอรันดัมคืออะลูมิเนียมออกไซด์ (Al₂O₃) เบริลคือเบริลเลียมอะลูมิเนียมซิลิเกต (Be₃Al₂Si₆O₁₈) ส่วนเพชรคือคาร์บอนล้วน พันธุ์ต่างๆ ของชนิดเดียวกันต่างกันที่ธาตุร่องรอยซึ่งเข้าไปแทนที่อะตอมหลักในโครงผลึกเป็นสำคัญ นั่นคือเหตุผลที่ทับทิมและแซปไฟร์มีสูตรเดียวกัน
นักผลึกศาสตร์จัดโครงสร้างผลึกสามมิติออกเป็นเจ็ด ระบบผลึก ได้แก่ ไตรคลินิก โมโนคลินิก ออร์โทรอมบิก เตตระโกนัล ไทรโกนัล เฮกซะโกนัลและลูกบาศก์ อัญมณีศาสตร์อธิบายระบบเหล่านี้ด้วยความยาวสัมพัทธ์ของแกนอ้างอิงสมมติและมุมระหว่างแกน ระบบผลึกกำหนดรูปทรงภายนอกของผลึก (ทรงแปดหน้าสำหรับเพชรและสปิเนล แท่งปริซึมหกด้านสำหรับเบริล) และที่มีประโยชน์กว่าสำหรับการระบุชนิดคือพฤติกรรมทางแสงของมัน อัญมณีระบบลูกบาศก์เป็น ไอโซทรอปิก แสงเดินทางผ่านด้วยความเร็วเท่ากันทุกทิศทาง อัญมณีในอีกหกระบบเป็น แอนไอโซทรอปิก และแยกแสงออกเป็นสองลำ องค์ประกอบเพียงอย่างเดียวไม่ได้กำหนดโครงสร้าง เพชรและแกรไฟต์ต่างเป็นคาร์บอนบริสุทธิ์ทั้งคู่ แต่เรียงตัวต่างกัน
วัสดุอัญมณีบางอย่างไม่มีระเบียบของอะตอมในระยะไกล จึงไม่มีระบบผลึก แก้ว โอปอลอัญมณีส่วนใหญ่และอำพันซึ่งเป็นสารอินทรีย์เป็นวัสดุ อสัณฐาน และเช่นเดียวกับผลึกระบบลูกบาศก์ มันเป็นไอโซทรอปิกทางแสง